Câu chuyện lấy bối cảnh vào năm 2015, trong thời đại cuối cùng mà ma thuật vẫn còn tồn tại. Tổ chức an ninh và sinh tồn nhân loại Chaldea được thành lập để quan sát thế giới chỉ có thể nhìn thấy bằng phép thuật và thế giới chỉ có thể đo lường bằng khoa học - cũng như để ngăn chặn sự tuyệt chủng cuối cùng của loài người.
Nhờ nỗ lực của nhiều nhà nghiên cứu, con đường của lịch sử loài người đã được đảm bảo cho 100 năm sau. Tuy nhiên, không có cảnh báo trước, vương quốc của tương lai mà Chaldea thường xuyên quan sát đã biến mất. Sự tuyệt chủng của loài người vào năm 2017 đã được quan sát - không, đã được xác nhận.
Nguyên nhân rõ ràng của sự tuyệt chủng là ở thành phố Fuyuki của Nhật Bản vào năm 2004. Ở thành phố đó, có một "cảnh giới không thể quan sát" chưa từng tồn tại cho đến bây giờ.
Chaldea đã ban hành Grand Order cho một "Cuộc thám hiểm Chén Thánh", để điều tra, khám phá và có thể phá hủy điểm kỳ dị dường như sẽ gây ra sự diệt vong của nhân loại.