Hậu quả của Tác động thứ tư, bị mắc kẹt mà không có các Truyền giáo của họ, Shinji, Asuka và Rei tìm nơi ẩn náu tại một trong những túi nhân loại hiếm hoi vẫn còn tồn tại trên hành tinh đổ nát Trái đất. Ở đó, mỗi người trong số họ sống một cuộc sống khác xa so với những ngày họ còn là một phi công của Evangelion. Tuy nhiên, mối nguy hiểm đối với thế giới còn lâu mới kết thúc. Một tác động mới đang xuất hiện ở phía chân trời - một tác động sẽ chứng minh là kết thúc thực sự của Evangelion. Cuối cùng, Dự án Dụng cụ Con người đã được khởi động và WILLE thực hiện một biện pháp mệt mỏi cuối cùng để ngăn chặn Tác động Cuối cùng.