Thành phố Fuyuki - thành phố được bao quanh bởi biển và núi trở thành bối cảnh cho một nghi lễ cổ xưa. Bảy vị chủ nhân được trao quyền kiểm soát các linh hồn anh hùng để nhận ra Chén Thánh thần thoại, được cho là ban cho chủ nhân của nó bất kỳ điều ước nào. Những anh hùng hoặc người hầu này đại diện cho những anh hùng huyền thoại thuộc nhiều lớp khác nhau: "Saber," "Lancer," "Archer," "Rider", "Caster", "Assassin" và "Berserker." Mỗi chủ nhân sẽ ký một hợp đồng với đầy tớ đã chọn của họ và chiến đấu với những người khác cho đến chết cho đến khi chỉ còn một cặp ... Đây là "Cuộc chiến Chén Thánh."
Pháp sư trẻ tuổi và có năng lực, Rin Tohsaka, chuẩn bị cho Cuộc chiến Chén Thánh lần thứ năm được chờ đợi từ lâu của cô bắt đầu ... Cùng với người hầu của mình là Archer, Rin bước vào Cuộc chiến Chén Thánh với tư cách là người thừa kế duy nhất của gia tộc Tohsaka danh giá sau cái chết của cha cô. Nhưng khi Shirou Emiya, một cậu bé đến từ trường của Rin, vô tình trở thành Master và bị trọng thương trong trận chiến, cô ấy không còn lựa chọn nào khác ngoài việc cứu anh ấy. Cùng với Shirou và người hầu Saber của mình, Rin bắt đầu thực hiện các âm mưu xung quanh Cuộc Chiến Chén Thánh. Liệu Chén Thánh sẽ ban phước cho con đường chiến thắng của Rin và Shirou hay họ sẽ bị nguyền rủa khi thất bại?