Cuộc Chiến Chén Thánh tiếp tục, với mỗi bộ đôi Master và Servant thực hiện hành động của họ cho người ban điều ước toàn năng. Kế hoạch của Caster đã được thực hiện, bắt đầu bằng việc bắt giữ Saber trong khi Rin và Archer đi theo con đường riêng để tiếp tục chiến đấu của riêng họ. Không có sự trợ giúp của Saber, các nguyên tắc của Shirou được đưa vào thử thách cuối cùng. Với nhiều trận chiến xảy ra với những kẻ thù được mong đợi và bất ngờ, quyết tâm của Shirou bắt đầu hình thành. Mong muốn của anh ấy là bảo vệ mọi người và trở thành một anh hùng, chân chính? Hay chỉ đơn giản là tình cảm vay mượn? Và liệu có đủ để cưu mang anh ấy đến cùng không?